No fue hasta 1995 cuando se alcanzó la anhelada erección de la Hermandad y la aprobación de sus reglas como asociación pública de fieles. Año tras año la Hermandad siguió celebrando la procesión por la feligresía de San Felipe Neri, en la noche del Viernes de Dolores. Hasta que en 2001 se acuerda el ingreso en la Agrupación de Cofradías y, consecuentemente, se empieza a realizar la procesión en la tarde-noche del Jueves Santo.
Los incidentes de 1931 y 1936. En tiempos de la Segunda República Española, el 12 de mayo de 1931, la iglesia fue saqueada por un grupo de descontrolados que intentó prender fuego a la sacristía sin conseguirlo. Años más tarde, también sería saqueado el templo con motivo de la Guerra Civil, e 1936, perdiendo de esta manera el patrimonio cultural que atesoraba la parroquia. Solo pudieron salvarse la Virgen de Servitas y el Cristo de los Afligidos.
Obras de rehabilitación. En el año 2000, se interviene en la cubierta según proyecto redactado por los arquitectos José Ramón Cruz del Campo, José maría Romero Martínez y Miguel Ángel Díaz Romero. Asimismo, fue reparada la fachada del edificio, recuperando sus pinturas murales del siglo XVIII y en el año 2011 se terminaron las obras de rehabilitación interior, según proyecto de ambas actuaciones del arquitecto técnico Pablo Pastor Vega.