Nuestra Sede Canónica, la Iglesia de la Santa Cruz y San Felipe Neri, está situada entre la Calle Cabello y la Calle Parras.
Los inicios. El origen de esta iglesia se halla en las devociones del segundo Conde de Buenavista, Antonio Tomás Guerrero Coronado y Zapata, quien entre 1720-1730, edificó una pequeña capilla de planta octogonal, atribuida al arquitecto Felipe de Unzurrúnzaga, lo que en la actualidad es el presbiterio. A principios de julio de 1739, el Conde de Buenavista cede a los Padres Filipenses la iglesia a petición del obispo de Málaga, Gaspar de Molina, compuesta por una capilla superior y otra subterránea o cripta, una sacristía, numerosas ornamentaciones, esculturas, pinturas, una vivienda situada junto a la iglesia, y varias casas situadas en calles aledañas para el sostenimiento de la Congregación. También cedió el uso de la capilla subterránea a la Escuela de Cristo, aunque esta fuera de propiedad de los Filipenses.
Ampliaciones. A partir de 1756, con la llegada del padre Cristóbal de Rojas y Sandoval a la Congregación de San Felipe, y del importante papel que jugaron los Obispos de Málaga, Juan de Eulate y Santa Cruz y Manuel Ferrer y Figueredo se llevaron a cabo distintas fases de construcción en donde se estableció la Casa de Estudios y la aplicación del templo, anexándose a la capilla octogonal primitiva, una nave elíptica con atrio, proyectada en 1755 por Antonio Ramos Medina. La iglesia en su fase final en 1778 seria dirigida por José Martin de Aldehuela, que en 1790, empezaría a construir el tabernáculo realizado con un diseño neoclásico en mármoles policromos y madera que los imita. En 1795, estuvieron terminados el tabernáculo y el altar mayor, celebrándose una solemne procesión para colocar al Santísimo. También en 1795, se hizo la Sacristía, atribuida a Martin de Aldehuela. La fachada de la iglesia responde a un diseño clásico, con portada de dos cuerpos entre dos torres salientes.
Desamortización. Con el asentamiento liberal de 1833, se produce la desamortización eclesiástica, mediante Real Decreto del 8 de marzo de 1836, que disponía de la suspensión de todas las casas de religión incluidas la de los Filipenses malagueños. El 1 de Agosto de 1841, la iglesia se erigió en parroquia, quedando como filial de los Mártires.
Los incidentes de 1931 y 1936. En tiempos de la Segunda República Española, el 12 de mayo de 1931, la iglesia fue saqueada por un grupo de descontrolados que intentó prender fuego a la sacristía sin conseguirlo. Años más tarde, también sería saqueado el templo con motivo de la Guerra Civil, e 1936, perdiendo de esta manera el patrimonio cultural que atesoraba la parroquia. Solo pudieron salvarse la Virgen de Servitas y el Cristo de los Afligidos.
Obras de rehabilitación. En el año 2000, se interviene en la cubierta según proyecto redactado por los arquitectos José Ramón Cruz del Campo, José maría Romero Martínez y Miguel Ángel Díaz Romero. Asimismo, fue reparada la fachada del edificio, recuperando sus pinturas murales del siglo XVIII y en el año 2011 se terminaron las obras de rehabilitación interior, según proyecto de ambas actuaciones del arquitecto técnico Pablo Pastor Vega.